Сергей Боженко родился в 1954 году в селе Шипуново Шипуновского района. После окончания школы учился в Новосибирском инженерно-строительном институте по специальности архитектор-градостроитель. С 1977 года Сергей Боженко работает в Барнауле: архитектор института «Алтайгражданпроект», главный художник города (1982—1993). В период между 1993 и 2007 годом работал главным архитектором Барнаула, уволился из-за несогласия с градостроительной политикой мэрии. Вернулся на эту же должность в 2013 году «из патриотических побуждений».

Под руководством Сергея Алексеевича разработаны проекты реконструкции исторических городских центров; возведены многие памятники и постройки. Одновременно с этим видом деятельности, он занимался в литературной студии Е. Гущина. Как писатель, Сергей Боженко, работает в жанре сатиры и юмора.